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한국의학도서관협회의 의학사서 자격제도는 현직 의학사서의 계속 교육을 통한 신지식의 갱신으로 의학사서의 자질을 발전시키고 유지시키기 위한 목적과 대학의 문헌정보학과에서 의학사서를 양성하도록 의학정보학의 개설 및 연구를 유도하기 위한 장치로 대별할 수 있다.

미국과 일본의 현직 의학사서의 자질을 갱신하기 위한 방법과 중국에서 의학 주제 전문사서로 양성함에 주력하는 제도를 병합한 제도라 할 수 있겠다. 이 모든 것은 정해진 점수(Point Index)를 합산하여 60점 이상이면 의학서서 자격증이 제공되고 또한 5년마다 갱신된다.
그러므로 모든 자격증은 유효기간이 5년이 된다.

첫째, 교육에 의한 점수는 의학도서관협의회에서 실시하는 각종 강좌와 학술대회 세미나에 배점되어 있고 본 협의회 외의 도서관 관련 교육 및 활동에 점수를 배점하였고 문헌정보학 및 관련 학문의 석사와 박사 학위 소지자는 자격을 갱신할 때마다 점수가 가산된다.
 
둘째, 실무경력 점수로는 의학도서관과 비 의학도서관에서 경력 점수에 차등을 두고 있고 정사서와 준사서로의 근무경력도 점수의 차이가 있다. 갱신할 때에도 가산이 되지만 30점으로 상한선을 두었다.
 
셋째, 학·협회 활동 점수로는 본 협의회에 봉사활동과 연구발표 및 각종 행사에 참가한 것을 점수로 배정하고 기타 도서관 학회 및 단체에서의 활동도 점수를 배정하고 있다.
 
넷째, 저서 출판 및 논문투고에 많은 점수를 배정하여 의학사서의 연구 활동을 고무하고 있다.
 
다섯째, 상기 모든 점수에 미달하는 사람을 구제하기 위한 방법으로 의학도서관 실무에 필요한 지식에 대한 필기 시험제를 두어 100점 만점에 60점 이상을 합격으로 하고 평가 점수로 20점을 배점한다.